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Un cuy saludable siempre va a estar alerta con ojos despiertos, las narices secas una piel limpia y brillante. Los desechos en la jaula deberían ser pellets pequeños y firmes. Los signos de enfermedad son una piel opaca o sucia, perdida de apetito, lesiones en la piel, deposiciones sueltas o una nariz que gotea. La higiene pobre es una causa común de enfermedad. Como los conejos los cuyes pueden ser susceptibles a la myiasis, especialmente si ellos son la variedad de pelaje largo. Estos es causado por tipos de moscas que ponen huevos en la piel sucia. El lecho sucio debería ser reemplazado diariamente y la jaula limpiada meticulosamente con un desinfectante para mascotas una vez a la semana.